Наукові школи в НУК (раніше – Миколаївський кораблебудівний інститут імені адмірала С.Й. Макарова) утворювались з 60-х років минулого сторіччя на запити суднобудівної промисловості тодішньої держави (СРСР) щодо наукового забезпечення процесів створення сучасного цивільного та воєнного флоту. У ті часи документальної фіксації фактів створення наукових шкіл не вимагалось, тому наведені нижче дати їх заснування визначені виходячи з головних показників діяльності – багаторічної наукової продуктивності, що характеризується кількісними і якісними показниками, та визнанням промисловістю та науковою спільнотою. Більш пізні формальні кроки щодо фіксації наукових шкіл найбільш повно були реалізовані до 95-річчя від дня заснування університету (2015 рік), коли було розроблено і затверджено «Положення про наукову школу НУК».

Характерною рисою практично всіх наукових шкіл є постійне та активне залучення до творчої роботи студентів та молодих науковців.
Нижче наведено відомості про наукові школи НУК, які склались у попередні роки та успішно функціонують на момент акредитації.

1. Наукова школа «Плазмохімічна інтенсифікація процесів горіння вуглеводневих палив», засновник: Романовський Г.Ф., д.т.н., професор, Заслужений діяч науки і техніки України, лауреат Державної премії України в галузі науки і техніки; послідовник: Сербін С.І., д.т.н., професор. Рік заснування – 1984. Підготовлено 2 доктора та 15 кандидатів наук, в теперішній час працює 2 доктора наук, 4 кандидатів наук. Заплановані захисти – 2 докторські  та 1 кандидатська дисертації.

2. Наукова школа «Перспективні енергетичні технології», засновники: Тимошевський Б.Г., д.т.н., професор та Ткач М.Р., д.т.н., професор. Рік заснування – 1982. Підготовлено 1 доктор та 8 кандидатів  наук, в теперішній час працюють 2 доктора наук, 8 кандидатів наук. Заплановані захисти – 1 докторська та 1 кандидатська дисертації.

3. Наукова школа «Технології комбінованого виробництва енергії, тепла та холоду в стаціонарній і транспортній енергетиці та aгропромисловому комплексі», засновник: Радченко М.І., д.т.н., професор, Заслужений винахідник України. Рік заснування – 1981. Підготовлено 1 доктор наук, 14 кандидатів наук, в теперішній час  працює 1 доктор наук, 11 кандидати наук. Заплановані захисти – 3 дкотроські та 5 кандидатських дисертацій.

4. Наукова школа «Інтенсифікація переносу у багатофазних середовищах для екологічних та ресурсозберігаючих технологій», засновник Рижков С.В., д.т.н., професор, академік АТК України, Заслужений працівник освіти України, послідовник: Рижков С.С., Заслужений діяч науки і техніки України, лауреат Державної премії України в галузі науки і техніки. Рік заснування – 1970, підготовлено 3 доктори та 14 кандидатів  наук, в теперішній час працює 4 кандидати наук. Заплановано захист 2 докторських дисертацій та 2 кандидатських дисертацій.

5. Наукова школа «Термогазодинамічне вдосконалення і екологічна безпека енергетичних установок», засновник Шевцов А.П., д.т.н., професор, рік заснування 1995, підготовлено 1 доктора і 2 кандидатів наук, в теперішній час працює 2 доктори наук, 3 кандидати наук. Заплановані захисти – 1 докторська та 2 кандидатські дисертації.

6. Наукова школа «Системи життєзабезпечення герметизованих об’єктів», засновник Захаров Ю.В., Заслужений діяч науки України, д.т.н., професор. Рік заснування – 1965. Послідовник: кандидат технічних наук, професор Трушляков Є.І. Підготовлено 1 доктора наук, 41 кандидат наук, в теперішній час працює 4 кандидата наук. Планується до захисту 1 докторська дисертація (2020 р.) та 3 кандидатські та PhD-дисертаці] (2020-2021 роки).

7. Наукова школа «Енергоефективність і екологічність суднових енергетичних установок», засновники: Горбов В.М., к.т.н., професор та Шостак В.П., к.т.н., професор. Рік заснування 1992. Підготовлено 1 доктора та 16 кандидатів наук, в теперішній час працює 8 кандидатів наук. Заплановані захисти – 2 докторські  та 5 кандидатських дисертацій.

8. Наукова школа «Робочі процеси у теплових двигунах та енергетичних установках та системах», засновник: Мошенцев Ю.Л., к.т.н., професор. Рік заснування 1973, підготовлено 5 кандидатів  наук, в теперішній час працює 4 кандидата наук.

9. Наукова школа «Динаміка, міцність і основи трибології машин і механізмів», засновник: Попов О.П., д.т.н., професор, Заслужений діяч науки і техніки України. Рік заснування 1990. Підготовлено 1 доктора та 8 кандидатів  наук, в теперішній час працює 1 доктор наук, 3 кандидата наук. Заплановані захисти – 1 кандидатська дисертація.

10. Наукова школа «Підводна техніка», засновники: Александров М.М, доктор технічних наук, професор та Вашедченко А.М., кандидат технічних наук, професор; послідовник: Блінцов В.С., доктор технічних наук, професор, Заслужений діяч науки і техніки України, лауреат Державної премії України в галузі науки і техніки. Рік заснування — 1985. Склад — 2 доктори наук, 9 кандидатів наук. Підготовлено 2 докторів наук та 25 кандидатів наук. Плануються захисти 5 кандидатських дисертацій (2019-2020 роки) та 1 докторської дисертації (2021 рік).

11. Наукова школа «Морехідність суден». Засновник: Ю.В. Ремез, доктор технічних наук, професор, послідовник: В.О. Нєкрасов, доктор технічних наук, професор, лауреат Державної премії України в галузі науки і техніки. Наукова школа підготувала 5 докторів та і 9 кандидатів технічних наук. В даний час роботу наукової школи продовжують доктори наук, професори Л.М. Дихта, В.О. Нєкрасов, С.Б. Приходько. Керує роботою наукової школи д.т.н. проф. В.О. Нєкрасов. Заплановані захисти – 1 кандидатська.

12. Наукова школа «Проектування суден». Засновник: к.т.н., професор А.М. Вашедченко. Рік заснування 1985. У рамках школи створено передові методи оптимізаційного проектування суден, які продовжують бути актуальними і у даний час. Новий зміст і розвиток цих методів отримано в результаті робіт професора Нєкрасова В.О. зі створення стохастичною теорії проектування суден, розвитку концептуального проектування за напрямками продукт-орієнтованого і систем-орієнтованого проектування. Наукова школа підготувала 23 кандидати технічних наук і одного здобувача докторського ступеня. В даний час науковою школою проектування суден керує д.т.н. проф. В.А. Некрасов. Планується захист 1 докторської (2020 рік) та 2 кандидатських дисертацій.

13. Наукова школа «Композиційні матеріали в конструкціях технічних засобів мінеральних та біологічних ресурсів глибин Азово-Чорноморського басейну» створена наказом ректора НУК №198 від 18.07.1994 р.  Засновник – Бурдун Є.Т., к.т.н., професор. Кадровий склад станом на 2019 р.: д.т.н., професор – 1; к.т.н., доцентов  – 5; наукових співробітників – 1. Заплановані захисти – 1 докторська, 2 кандидатських.

14. Наукова школа «Ідентифікація нелінійних стохастичних диференціальних систем», засновник: Приходько С.Б., доктор технічних наук, професор, член Міжнародної асоціації інженерів (IAENG). Рік заснування 2001. За останні 5 років підготовлено одна докторська та дві кандидатських дисертацій. Наразі у рамках наукової школи в НУК працюють один доктор технічних наук і 2 кандидата технічних наук. Накопичений досвід дослідницьких та практичних робіт, підготовка аспірантів та результати досліджень останніх років дають підстави для планування захисту двох робіт на здобуття ступеню кандидата технічних наук  на період наступних 5 років.

15. Наукова школа «Емпірична програмна інженерія», засновик: Приходько С. Б., доктор технічних наук, професор, член Міжнародної асоціації інженерів (IAENG). Рік заснування 2013. Підготовлено 2 кандидатські дисертації. Наразі у рамках наукової школи в НУК працюють один доктор технічних наук і 2 кандидата технічних наук. Накопичений досвід дослідницьких та практичних робіт, підготовка аспірантів та результати досліджень останніх років дають підстави для планування захисту шести робіт на здобуття ступеню кандидата технічних наук  на період наступних 5 років.

16. Наукова школа «Управління проектами та програмами», засновник: Кошкін К.В., доктор технічних наук, професор, Заслужений діяч науки і техніки України, лауреат Державної премії України в галузі науки і техніки. Рік заснування 2001. Тільки за останні 5 років захищено 2 докторські та 6 кандидатських дисертацій. Наразі у рамках наукової школи працюють 2 доктори технічних наук і 11 кандидатів технічних наук. Накопичений досвід дослідницьких та практичних робіт, підготовка аспірантів та результати досліджень останніх років дають підстави для планування захисту двох докторських дисертацій та шести робіт на здобуття ступеню кандидата технічних наук  на період наступних 5 років.

17. Наукова школа «Математичне моделювання фізичних властивостей речовин та фізичних процесів, які протікають в технологічному обладнанні та енергетичних установках», засновик: Мочалов О.О., доктор технічних наук, професор, Заслужений діяч науки і техніки України. Рік заснування 1990 р. в результаті співробітництва з ІТТФ, ФТІМС. Наразі у рамках наукової школи працюють 2 доктори технічних наук і 6 кандидатів технічних  та фізико-метематичних наук. На період 2019-2023 рр. планується захист 1 докторської дисертації.

18. Наукова школа «Енергоефективні перетворювачі електроенергії», засновник: Павлов Г.В., доктор технічних наук, професор, Заслужений діяч науки і техніки України. Рік заснування 1990 р. У складі наукової школи працюють 1 доктор та 5 кандидатів технічних наук. Захищено – 1 докторська, 5 кандидатських. Заплановано захисти 2 докторських дисертацій та 1 кандидатської дисертації.

19. Наукова школа «Сучасні проблеми автоматизації, підвищення якості електроенергії, енергоефективності та енергозбереження в автономних системах», засновник: Рябенький В.М., доктор технічних наук, професор, Заслужений діяч науки і техніки України. Рік заснування 1981. У складі школи працюють 2 доктори технічних наук та 7 кандидатів технічних наук. За роки існування наукової школи захищено 1 докторську та більше 20 кандидатських дисертацій. На наступні 5 років заплановано захист 4 кандидатських дисертацій та 1 докторської дисертації.

20. Наукова школа «Енергозбереження в електроприводі», засновник: Локарєв В.І., доктор технічних наук, професор. Послідовник: Волянська Я.Б., кандидат технічних наук, доцент. У складі наукової школи сьогодні працюють 1 доктор та 2 кандидати технічних наук. Планується захист однієї докторської дисертації (2020 рік) та однієї кандидатської дисертації (2021 рік).

21. Наукової школи «Вібротехніка та віброзахист у технічних системах», засновник к.т.н., проф. Гуров А.П. Рік заснування – 1980. У складі школи працюють 2 кандидати наук. Підготовлено 5 кандидатів техн. наук. Планується захист 3-х кандидатських та однієї докторської дисертації.

22. Наукова школа «Паяння та зварювання тиском у вакуумі». Засновник доц. Сафонов О.І., послідовник: Квасницький В.Ф., доктор технічних наук, професор, лауреат Премії Кабінету міністрів СРСР, Лауреат Державної премії в галузі науки і техніки України, Заслужений працівник народної освіти України. Рік заснування 1965. За результатами роботи захищено 2 докторські дисертації та 14 кандидатських. В теперішній час працює 1 доктор наук, 6 кандидатів наук. Заплановані захисти – 2 докторські, 1 кандидатська.

23. Наукова школа «Інформаційне моделювання інфраструктурних енергетичних проектів та програм». Засновник – д.т.н., професор Харитонов Ю.М. Рік заснування 1998 р. Підготовлено 1 доктор технічних наук, 3 кандидати технічних наук. У складі школи працюють 2 доктори наук, 3 кандидати наук. Заплановані захисти – 4 кандидатьскі дисертації.

24. Наукова школа «Поліметричні та кібернетичні системи забезпечення безпеки суден та інших об’єктів морської інфраструктури на всіх стадіях їх життєвого циклу (у проектуванні та в ході експлуатації)». Школа заснована у 1983 році. Засновник: Олександров М.М., доктор технічних наук, професор. Послідовник: Жуков Ю.Д., доктор технічних наук, професор, Лауреат Державної премії в галузі науки і техніки України. Підготовлено — 2 доктора та 11 кандидатів технічних наук. У складі школи працюють докторів — 3, кандидатів наук – 5.

25. Наукова школа «Теоретико-методологічне забезпечення трансформаційних процесів у діяльності операторів ринку на засадах корпоративного управління». Школа заснована у 1983 році. Засновник: Парсяк В.Н. доктор економічних наук, професор, Заслужений діяч науки і техніки України, дійсній член Академії економічних наук України, декан Факультету економіки моря НУК. Впродовж п’яти останніх років підготовлено 2 підручника, 25 методичних розробок, видано 5 монографій, надруковано 50 статей. Частина з них – у виданнях, які зареєстровано у наукометричних базах Scopus та Web of Science.