НДІ «Енергетики та машинобудування» у своєму складі містить сім центрів:

«Плазмохімічних технологій в енергетиці»;
«Удосконалення суднових енергетичних установок»;
«Інтенсифікації тепломасообміну»;
«Перспективних енергетичних технологій»;
«Фундаментально-прикладних проблем редукторобудування»;
«Тригенераційних технологій та життєзабезпечення»;
«Прикладних проблем інженерної механіки та технології машинобудування».

НДІ «Проблем екології та енергозбереження» містить п’ять центрів:

«Моніторингу параметрів навколишнього середовища»;
«Піролізних технологій»;
«Енергозберігаючих технологій»;
«Водоочищення та водопідготовки»;
«Еколого-економічних досліджень».

НДІ «Інфраструктурних проектів» містить два центри:

«Прикладних досліджень в енергетиці»;
«Прикладних проблем регіонального розвитку».

Окрім того, функціонує центр «Економічних досліджень та управлінського консалтингу».