Організаційна структура НДЧ складається з восьми науково-дослідних інститутів, а саме:

«Енергетики та машинобудування»;
«Підводної техніки»;
«Сучасних проблем автоматики і електротехніки»;
«Управління проектами та програмами»;
«Аеродинаміки, міцності і проектування суден»;
«Паяння та зварювання тиском у вакуумі»;
«Проблем екології та енергозбереження»;
«Інфраструктурних проектів».